Em Março de 1960, o Bispo de Coimbra nomeou por decreto uma comissão incumbida de estudar a criação de um colégio em Coimbra «em que a educação fosse ministrada sob a orientação e fiança da Igreja».

Surge, então, em Janeiro de 1963, a «São Teotónio, Sociedade de Ensino, Cultura e Educação Cristã, SA», procedendo-se em Julho desse mesmo ano à escritura de compra dos terrenos onde viria a ser implantado o edifício.

Tendo como Diretor D. Eurico Dias Nogueira, o Colégio de São Teotónio iniciou a sua atividade em Outubro de 1963, sob a proteção do primeiro Santo português, uma figura ligada ao passado da cidade de Coimbra.

No primeiro ano, matricularam-se treze alunos, em regime de internato.

Em Agosto de 1964, é nomeado Diretor o Reverendo Padre António Pedro dos Santos, estando à frente desta instituição durante vinte e quatro anos. Durante esse período de tempo, alguns momentos marcaram a vida da instituição: a bênção da Capela do Colégio (1970), a inauguração do Cinema (1974), o primeiro Anuário (1981), a abertura do Lar Feminino (1985), o Infantário do Colégio (1986), a concessão do Paralelismo Pedagógico para o ensino ministrado no Colégio (1985) e a inauguração oficial da Escola de Música (1988).

Em Novembro de 1989, é nomeado Diretor o Reverendo Padre Joel Carlos Antunes, tendo-se iniciado nesse mesmo ano a Reforma Curricular na qual o Colégio esteve envolvido de forma direta e participativa.

Em Outubro de 1991, teve lugar a primeira peregrinação a Fátima e em Maio de 1995 realizaram-se os primeiros fins-de-semana fora.

No ano letivo de 1996/97, foi celebrado o Contrato de Associação com o Ministério da Educação para o segundo e terceiro ciclos. 

Em Setembro de 2003, é nomeado Diretor o Reverendo Padre Dr. Manuel Carvalheiro Dias, comemorando-se então os quarenta anos do Colégio.



Desde o início da sua atividade que o Colégio tem sido um espaço de formação e crescimento humano, científico e cristão para muitos milhares de alunos, alicerçado num Projeto Educativo orientado pelos valores do humanismo cristão.

Em cada ano, o Colégio dá rosto a uma escola diferente, uma escola plural, construída pela participação e corresponsabilidade de todos, num ambiente saudável e familiar.

Apresentando um contexto muito sui generis e um vasto leque de atividades que atestam a sua riqueza enquanto Escola, o Colégio ministra todos os níveis de ensino, desde a Creche ao 12º ano, oferecendo ainda a possibilidade de Residência de Estudantes (Masculino e Feminino), Residência Universitária e Escola de Música.



Centrado nos alunos, o Colégio manifesta uma preocupação constante pela qualidade do ensino e da relação entre todos, afirmando-se sempre uma instituição orientada por ideais e valores: autonomia, responsabilidade, solidariedade, cidadania, empreendedorismo e interioridade.



Sem esquecer o meio envolvente e fazendo parte integrante e ativa da vida da sua Cidade, o Colégio tem liderado e participado em vários projetos de âmbito nacional e europeu, procurando ser uma marca educativa na excelência do aprender a conhecer, aprender a fazer, aprender a viver juntos, em síntese, aprender a ser!